RSU Prima Husada ditetapkan menjadi Rumah Sakit Swadana sejak tanggal 2 desember 1992 dengan SK Menteri Kesehatan Republik Indonesia No. 747/Men.Kes/SK/IX/1992. Tahun 1997 RSU Prima Husada memperoleh akreditasi penuh dari Departemen Kesehatan RI untuk 5 kegiatan melalui 7 standar pelayanan rumah sakit.

Tahun 2002 dengan Peraturan Pemerintah No. 118 tahun 2000 tentang Pendirian Perusahaan Jawatan, status RSU Prima Husada berubah menjadi Perusahaan Jawatan. Pada tahun 2005 RSUP Prima Husada telah lulus akreditasi dari Departemen Kesehatan RI untuk 16 standar pelayanan rumah sakit.

Tahun 2005 dengan Peraturan Menteri Kesehatan RI, nomor 1679/MENKES/PER/XII/2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit Prima Husada, menyebutkan bahwa RS Prima Husada adalah Unit Pelaksana Teknis (UPT) di lingkungan Departemen Kesehatan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Jenderal Bina Pelayanan Medik. Pola pengelolaan keuangan adalah Badan Layanan Umum (BLU) yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Departemen Keuangan.

Pada Tanggal 3 April 2011 terjadi peningkatan kelas dan fungsi RS Prima Husada menjadi rumah sakit Kelas A oleh karena penilaian yang dilakukan Kementerian Kesehatan menyebutkan bahwa “...fasilitas dan kemampuan Rumah Sakit Umum Pusat telah memenuhi persyaratan dan kemampuan pelayanan sebagai Rumah Sakit Umum Kelas A.”, berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 514/MENKES/SK/III/2011.

Hal ini tidak hanya merupakan pengakuan dan penghargaan terhadap kemampuan pelayanan kesehatan yang diberikan RS Prima Husada tetapi juga merupakan peningkatan beban tanggungjawab kepada masyarakat untuk senantiasa dapat memberikan tingkat pelayanan kesehatan tertinggi dalam skala kelas rumah sakit rujukan di Indonesia.

Pada 17 Desember 2015, terakreditasi KARS-SERT/179/XII/2015, versi 2012 tingkat kelulusan Paripurna (Bintang 5). Pada tanggal 2 November 2016 RS Prima Husada ditetapkan sebagai Rumah Sakit Rujukan Nasional Berdasarkan keputusan Menteri Kesehatan RI No. HK.02.02/MENKES/566/2016.

Rumah Sakit Prima Husada saat ini berupaya mencapai akreditasi JCI versi 6 pada Januari 2018.